Có nhiều cảnh báo về nguy cơ ngộ độc thực phẩm cũng như các bệnh khác khi ăn cơm bụi, xuất phát từ việc nhiều quán cơm mất vệ sinh an toàn thực phẩm trong khâu chế biến, phục vụ, điều kiện của quán ăn.[6][11] Quy trình chế biến tại các quán cơm bụi hoàn toàn không thể kiểm soát và rất mất vệ sinh gây ra nhiều ẩn họa khôn lường.[2][12] Khi chứng kiến quy trình chế biến cơm bụi thì thật sự hãi hùng,[12] nhiều nguyên liệu chọn làm cơm đều là những nguyên liệu ôi thiu, thu gom từ chợ chiều, đã biến chất[13][14] điều này đặc biệt nguy hiểm khi rơi vào mùa dịch bệnh, thậm chí một số tiệm cơm không đảm bảo yêu cầu về phòng chống cháy nổ gây ra hậu quả.[8]

Theo một số báo chí, các hàng quán cố định, hàng quán vỉa hè, người bán rong… có 20% thực phẩm được chế biến từ nơi khác mang đến và trong số 54,5% thực phẩm được chế biến tại chỗ có đến 24% được để trên nền đất chế biến. Qua xét nghiệm của ngành Y tế với các mẫu thực phẩm chín ăn ngay, nhóm thực phẩm bún - mì - phở đều có nhiễm coliform (48,3%) và E.Coli (28,4%), chẳng hạn, thịt chín ăn ngay có 31,7% nhiễm coliform và 25% nhiễm E.Coli. hơn 50% người tiêu dùng hàng ngày luôn đối diện với các bệnh truyền qua thực phẩm và có nguy cơ ngộ độc bất kỳ lúc nào Cũng theo một số liệu khảo sát của ngành Y tế, chỉ có 91,1% hàng quán có đủ nước sạch, 95,2% có kẹp gắp thức ăn, 84,8% có tủ… và chỉ có 56,5% người chế biến, kinh doanh có đi khám sức khỏe, 62,5% có tạp dề, 33,4% có khẩu trang.[9][15][16] Tình trạng cơm bụi mất vệ sinh diễn ra thường xuyên nhưng các cơ quan quản lý nhà nước bất lực trước hiện tượng này, một mặt do số lượng quán cơm mọc lên rất nhiều do nhu cầu, mặt khác lực lượng quản lý cũng không thể đủ để đáp ứng công việc.[17]

Ngoài ra, một thực tế hiện nay là khi vào ăn cơm bụi thì khách hàng thường kêu cơm thêm nhất là các đối tượng là người lao động, công nhân, sinh viên có sức ăn khỏe, điều này dẫn đến tình trạng là các quán cơm không kịp nấu chín để phục vụ cho thực khách đồng thời với nhiều quán cơm thực hiện chính sách không tính tiền cơm thêm có thể bớt lãi đi do đó để tăng lợi nhuận, nhiều quán cơm đã sử dụng hóa chất để làm trương cơm.

Nhiều quán cơm hiện nay sử dụng một gói bột hóa chất các hàng cơm bụi đã có thể làm cho 10 kg gạo thành cơm nở bung trắng đều, hạt to mẩy tương đương như khi nấu 20 kg gạo thông thường mà không mất nhiều công. Chỉ cần ngâm 15–20 kg gạo chung với 1 muỗng canh nhỏ loại bột này rồi đem hấp khoảng 1 tiếng, gạo sẽ nở bung, cho lượng cơm nhiều gấp đôi so với bình thường. Loại bột này còn có tác dụng làm cơm chín rất nhanh. Do đó đa phần các hàng cơm bụi đều cho thoải mái khi khách ăn muốn lấy thêm cơm. Khách có đông đến mấy, cũng chỉ một tiếng đồng hồ sau là quán đã kịp nấu nồi cơm trắng tròn mẩy. Tuy nhiên cơm hơi sống và ăn sượng, không dẻo như bình thường.[18]

Loại bột này giá một gói khoảng 8.000 đồng (năm 2013), Loại này chỉ bán cho người quen hoặc có khách hỏi mới đưa chứ không bán đại trà, vỏ gói bột ghi hầu hết bằng tiếng nước ngoài, không có nhãn mác hay hạn sử dụng. Dân trong nghề gọi bột này là bột nở, có tác dụng làm thịt nhỏ to ra gấp đôi, hạt gạo ngâm đem hấp lên to ra gấp 2,3 lần.[18]